1949年，重慶。
深夜，陳淺並沒有睡熟，他剛去過望龍門看守所，前幾天被逮捕的那一批集會宣講馬列主義的學生中有兩個因為受刑過重已經悲慘死去。看守所所長還私下對陳淺說，鑒於現在國軍在與中共軍隊的交戰中連連失利，毛局長已經下了密令，對所有被逮捕的通共分子格殺勿論，所以，這批學生很可能在這幾天就會被秘密槍決。
搜集了幾份刊登了這次逮捕事件的報紙，陳淺前去面見保密局裡的溫和派，已經升為保密局西南特區副區長的關山月，為挽救這些年輕的生命做最後的努力。關山月聽後，漫不經心地扔下幾句官腔，什麼青年學生乃國之未來，什麼曉之以理動之以情，讓他們回頭是岸，再無別話。陳淺只得點頭稱是。
那些充滿青春氣息的面龐在陳淺腦海中一一閃過，陳淺抓起手槍，在黑暗的房間里不斷練習拔槍射擊的動作，這會令他找回熟悉的掌控感。
很快，一陣急促的電話鈴聲將陳淺的思緒打斷，緊急通知，前往羅家灣19號開會。
陳淺將槍收起，他預感到，這次深夜會議必然不同尋常，很有可能，他潛伏等待的那個機會終於要來臨了。
陳淺和其他同僚一樣，只是隱隱約約地聽說過計劃的存在，只有保密局西南特區區長徐遠舉和副區長關山月知道它的真正內容。
與此同時，謝冬天正起身對著穿衣鏡迅速整理軍服。這幾年，陳淺因為出色地完成了各種危險的任務，一直是戴笠和關山月跟前的紅人，完全蓋過了謝冬天的風頭。直到戴老闆意外身亡後，毛人鳳掌權，謝冬天才開始憑著孔家公子的推薦，步步高升，一直升到保密局西南特區二處處長，和身為二處副處長的陳淺相比，算是稍勝一籌，但謝冬天從來不曾放棄徹底擊垮陳淺的念頭，他一直在暗中尋找著陳淺的把柄，卻始終一無所得。
陳淺匆匆趕到羅家灣19號時，他和謝冬天在走廊不期而遇，兩人對視一眼，幾乎同時跨進了燈火通明的會議室。此時，邱映霞、湯尚壽和另外幾個處的處長都已經趕到，偌大的會議室里，雖然已經齊刷刷坐了十幾個人，卻鴉雀無聲。當陳淺悄然走到湯尚壽身邊準備坐下時，一直站在窗前凝望夜色的關山月猛地轉過身來，面色沉重地吐出一句：「諸位，壞消息，兩個小時前，共軍突破我方長江防線，南京失守了！」
「啊，這麼快！這可怎麼辦啊？」一陣迷惘絕望的竊竊私語被關山月一個冷冽的眼神所止住。
「諸位，值此黨國危難之際，正是我等效命之時，大半夜把諸位叫來，是因為我剛剛接到局座從台灣發來的電報，鑒於當下的局勢，涅槃計劃正式啟動！」關山月掃視了一下屏息等待的眾人，才緩緩繼續，「涅槃，鳳凰浴火而重生。」
在關山月簡要的解說中，陳淺弄清楚了涅架計劃的三部分：擬定潛伏者名單；當共車逼近重慶時，炸毀電廠、自來水廠、兵工廠等重要設施；分步驟開始處死關押的政治犯以及暗殺重慶親共的民主人士。
會議結束時，關山月給各位處長布置了任務，三日內，每人擬定一份潛伏者名單交給他作為參考。關山月說完這一大通話似乎也有些疲倦，他頹然在靠椅上坐下，喝了一口茶水，才淡淡地說：
「今天會議的所有內容，都是最高機密，各位絕對不能泄露出去，如有違者不要怪我關某人無情，按軍法處置！所有保密局西南特區的家眷，從即日起不準離開重慶，等候分批送往台灣。」
「這是要拿家屬當人質啊！」陳淺走出會議室時聽到湯尚壽聲低低的嘆息。
「陳淺、謝冬天，你們留下！」
陳淺和謝冬天被關山月分別安排任務，陳淺得到的任務是在重慶各重要設施布置炸彈，謝冬天另有任務，這段時間二處處長的日常事務由陳淺暫領。
不一會兒，謝冬天步出門外，一臉志得意滿的表情： 「陳處長，希望我們以後捐棄前嫌，同心為黨國效力。黨國存亡，比幾個學生的性命重要太多了。」
聽謝冬天的挪輸之語，陳淺分析，看來謝冬天已經得到了重要任命，才會如此自傲，而陳淺替學生求情，顯然令關山月對陳淺產生了反感。越到關鍵時刻，自己越要冷靜。陳淺笑了笑： 「謝處長提醒的是，我只是擔心濫殺無辜，致使民心浮動，對戰局不利。
兩人正要離去，卻撞上匆匆忙忙折回的邱映霞，她神情嚴肅地把手中的一張紙遞給關山月：「關區長，剛剛監聽到的，就是兩年前消失的那個頻率，署名飛天，可是電訊處破譯不了，老湯已經過去了，正在全力想辦法。」
關山月接過紙條，看了看那上面記錄的符號，嘴角掠過一絲陰冷的笑意：「飛天！看來南京失守，飛天就盯上重慶了！」
「飛天？」陳淺和謝冬天都面露驚詫，陳淺追問道，「區長，飛天顧曼麗不是六年前就被梅機關的井田裕次郎處死了嗎？卑職親眼所見，這裡怎麼又會出現一個飛天呢？不會是共黨故意混淆視聽吧？」
「飛天不是一個人，是一個特工小組，顧曼麗死了，就會有新的共黨特工加入。這是狸貓給我傳來的訊息，是從上海地下黨高層中得到的，絕對可靠！」
狸貓！陳淺的心中微微一震。
謝冬天立刻不失時機地向關山月恭維道：「關區長，難怪前些天，上海區能夠一舉抓獲十幾名共黨高層。原來是您運籌帷幄決勝千里，早就在共黨內部安插了卧底。」
「狸貓遲早要和你們幾位見面的。」關山月說著，目光一一掃過三人的臉。
陳淺走出羅家灣19號時，晨光正從厚重的雲層中穿過，靜靜灑向坡上遍植的黃葛樹。陳淺把車開得一會兒快一會兒慢，連拐過幾個街角，確定後面沒有尾巴之後，陳淺的心裡稍稍安定。風暴將至，自己和飛天的處境將更加危險和艱難，所有的訊息都必須在今晚的會面中傳遞出去！
陳淺看完了一場魔術表演，又在書店轉悠了半天，確定身後沒有尾巴，才溜達到彈子石碼頭，他一邊在煙攤上挑選著香煙，一邊暗暗觀察著碼頭的情形，除了幾個棒棒還在等客，深夜的碼頭已經行人寥寥。陳淺故意站在路燈下抽完了一根煙，把手中的一本《春明外史》落在地上又彎腰撿起。等了一會兒，也不見有人上前搭訕，陳淺走向那停著的幾條渡船，說了一個非常偏僻的去處，和幾個船家不急不忙地討價還價。等到所有船家都拒絕了他的低價，他才徑直走向最後一條渡船，一個箭步跳上船去，坐下，把手中的《春明外史》擱在一旁，吆喝了一句： 「船老大，走吧！」
那一直蹲在船上抽著旱煙袋的老躺公似乎對陳淺的舉動毫不意外，一聲不吭地起身去解開纜繩，搖動船漿。船頭靜靜劃開水面，周圍的人聲漸漸淡去，陳淺望著那混濁江水中的一點波光月影沉思了片刻，突然扭頭一笑： 「跛子叔，你那二胡有多久沒拉了？琴譜都給你撕了糊在船艙頂上了。」
跛子叔更加用力地划動船漿，低低一笑： 「六年了，陳處長的眼神還是那麼尖，我還擔心天黑，你瞧不出這些琴譜，瞧不清我的臉呢。還不來幫忙？」
陳淺這時也忙起身，幫忙劃漿，當小船劃入一片蘆葦深處，兩人才停住，緊緊握手。
「跛子叔！」「陳淺同志！」
「我一直在等你，等你們！」
「我知道，春草也知道，這六年，你為我們傳遞了重慶各方面非常重要的情況，對我黨在重慶的地下工作幫助很大。我們一直沒有正面聯絡你，就是為了保護你，讓你穩穩地扎在保密局裡，現在到了讓你這把寶劍出鞘的時候了！」
在清冷的月色和寂寂的風聲中，跛子叔告訴陳淺，他是中共中央派遣到重慶的特派員，由於中共上海地下黨出現了叛徒，在十天前的保密局上海區對中共地下黨的瘋狂抓捕中，已有十幾名黨內骨幹被捕。本來，地下黨的損失可能更大，因為一名年輕黨員機智地識破了保密局特務的跟蹤，及時通知了另外幾名地下黨領導人，才沒有讓地下黨組織遭受更大的打擊。這批被捕的共產黨人已經被保密局迅速轉移，目前去向不明。
陳淺很快分析出，南京失守，上海已是風聲鶴唳，關山月必定會把抓捕到的這批人押解到重慶。
跛子叔贊同地點點頭：「你需要利用你的特殊身份，查明這些同志的關押之處，給我們的營救提供準確的信息。另外一件事，就是我們希望你能在最短的時間內，找出這個叛徒，他依然身份不明，是對我們黨組織的巨大威脅。」
「狸貓！」陳淺毫不遲疑地叫出了這個代號，他有種強烈的預感，狸貓已經來到了重慶，他就潛伏在黑暗中，伺機而動。陳淺知道，從今晚起，他和關山月的較量開始了，從現在起的每一刻，他都如履薄冰，錯一步，就將墜入深淵。
在一處廢棄的碼頭，兩人告別時，陳淺告訴跛子叔他把涅槃計劃中他知道的內容都用密碼寫在了那本《春明外史》里，跛子叔則交給他一本《金粉世家》，裡面藏著陳淺和他聯絡的秘密方式。
「陳淺，為了保證你的安全，在整個重慶，只有我和飛天知道你的真實身份，你只和我單線聯繫。」跛子叔再次緊緊握了握陳淺的手，隨即跳上船，卻在小船離岸時，又問了一句：「你不會怪我們一直沒有告訴你她並沒有犧牲吧？」
陳淺在夜色中一笑，朝跛子叔揮揮手。他知道，一定是春草刻意對他隱瞞了這個消息，她害怕牽掛自己，也擔心自己牽掛著她，在那些無法預知的危險歲月中，他們都只能選擇淡忘感情。陳淺在幾天後收到老家奶奶寄來的家書時，確定自己被秘密監視了。那封信看上去紋絲未動，封口處過於清晰的郵截卻顯得 欲蓋彌彰。軍統的手段陳淺心知肚明，他在辦公室里一邊放著周 璇的唱片，一邊輕手輕腳地查找了一番，埋在花盆裡的微型竊聽 器被他取出又原樣放了回去。就像陳淺預料的一樣，一旦涅架計 劃啟動，關山月就會牢牢監視他。
吳若男躡手躡腳地捧著蛋糕從裡屋走出來時，被剛走進家門 的陳淺敏捷地拔槍指住了胸口。
「小丫頭，怎麼是你？私闖民宅，胡鬧！」
陳淺其實已經猜出吳若男是前幾天乘和自己在槍房練槍之際， 偷偷地配了他家的鑰匙。他收起槍，故意冷下臉，自顧自去洗臉 換衣。
吳若男把蛋糕擱在桌上： 「我就是想讓你開心一下，給你慶祝 個生日嘛！況且謝冬天這傢伙最近不知道在忙什麼，你也輕鬆多 了不是嗎？往日他老是找你的茬，但我知道，你肯定不會當叛徒 的對不對？」
「若男，」陳淺不知怎麼回復，無可奈何地說，「好，領你的 情，為了感謝你，我請你去心心咖啡屋喝杯咖啡吧！」
「哇，太好了！」吳若男忍不住雀躍之情，一聲歡呼。
陳淺走在吳若男身後，他能為她做的也只是拜託跛子叔留意， 調查吳若男的父親是誰，現在究竟在哪裡。